"חברת בתי המחסה לעניים והכנסת אורחים על הר ציון וירושלים עיר הקודש תיבנה ותיכונן במהרה בימינו אמן" קיבלה את הרשיון ובנתה את קבוצת הדירות הראשונה שלא היו כדוגמתן ליופי בירושלים העתיקה. ברבות השנים בנו בשכונת "בתי מחסה" כמה נדיבים בתים נוספים וביניהם "בית רוטשילד" המפואר.
במהלך הקרבות שהתנהלו ברובע היהודי במלחמת העצמאות, בשנת תש"ח (1948), שימשו הבתים והמרתפים בחצר בתי מחסה - כמחסה עבור חלק מהאוכלוסייה האזרחית שנותרה ברובע הנצור. לאחר שנכנעו מגיני הרובע בפני הלגיון הערבי, נאספו כאן לוחמי ותושבי הרובע היהודי. 30 לוחמים שעדיין נצבו על רגליהם לאחר 13 ימי קרבות רצופים, ועימם 50 פצועים ועוד 260 אזרחים, בני 13 עד 78 שנה, הלכו בשבי. 1,300 מתושבי הרובע היהודי – ילדים, נשים וזקנים – נאלצו לעזוב את בתיהם, שנבזזו והועלו באש. כ- 1,300 שנה לאחר שהירשו הערבים ליהודים לשוב לירושלים, בתום השלטון הביזאנטי, גלו היהודים שוב מתוך התחום שבין החומות.
