המבקרים במכון המקדש יכולים לחזות במו עיניהם במה שלא נראה בעולם כ-2000 שנה. תערוכה של כלים רבים, ששוחזרו, בידי אומנים על טהרת ההלכה, ועל פי התיאורים בתנ"ך ובדברי חז"ל במשנה, בתלמודים וברמב"ם. כלי קודש אלו עשויים מזהב, כסף ונחושת.
התורה מונה 93 כלים שונים במקדש, מציג המכון כ-70 שחזורים.
מלווים בציורים המתארים את חיי העבודה בבית המקדש.
מכון המקדש עוסק גם בפיתוח ושיחזור כל כלי המקדש ובגדי הכוהנים בעזרת לימוד ההלכות ומחקרים במדרש, והבאתם למעשה בפועל.
המוצגים ב"תערוכת כלי המקדש" עוצבו על ידי מיטב האמנים בישראל באופן התואם במדויק את הדרישות ההלכתיות.
מהתצוגה: כיור בעל 12 הברזים (דדין בלשון ההלכה) ששימש לקידוש ידיהם ורגליהם של הכוהנים.
מהתצוגה: מזבח הזהב ושולחן לחם הפנים היו עשויים עצי שיטים ומצופים בזהב.
וכמובן ארון הקודש שהיה עשוי משלושה ארונות - ארון זהב, עץ וזהב שהיו מכונסים זה בזה ומעליהם כפורת הזהב ושני הכרובים.
